A New York City, des clochards disparaissent les uns après les autres : leurs corps sont retrouvés brûlés vifs tandis qu'une cicatrice formant la lettre Y apparaît sur la paume des mains d'individus sans lien apparent. Si la police n'accorde que très peu d'intérêt à la disparition de sans-abris, Henry White, fils de milliardaire très investi dans une association caritative, et son ami Cooper, sont les premiers à enquêter sur ces disparitions. Ils sont deux des trois personnages jouables dans ''Yesterday", le troisième n'étant autre que l'énigmatique John Yesterday, dont la mémoire semble avoir été totalement effacée et qui se retrouve embarqué malgré lui dans cette incroyable histoire.