Suite au décès soudain de sa mère, Emily Crandall est seule pour diriger l’auberge familiale. C’est alors tout naturellement qu’elle demande de l’aide à son amie Nancy. Dès son arrivée à l’Auberge des Lilas, une soudaine et spectaculaire explosion survient au coeur de l’auberge, et laisse Emily dans un état de désoeuvrement total… Accident ou acte de malveillance ? Malchance ou ennemis cachés ? Le Mystère de l’Horloge plonge le joueur dans une enquête captivante à la recherche d’un perfide criminel…